W centralnym miejscu starego cmentarza znajduje się kaplica murowana z istniejącym podpiwniczeniem. Kaplica została wybudowana z fundacji żony barona Brunickiego, już po jego śmierci. Najprawdopodobniej na przełomie 1902/1903 roku. W środku kaplicy znajduje się niewielki ołtarz wykorzystywany kiedyś do sprawowania Mszy Świętych. Z prawej strony, na ścianie wmurowana jest tablica poświęcona zmarłemu baronowi. W podziemnej części kaplicy pochowani są baron Karol Brunicki (patron mystkowskiego kościoła), ks. Jan Potoniec oraz ks. Jan Kuklewicz. Na zewnątrz na frontowej ścianie są tablice poświęcone księżom: Potońcowi i Kuklewiczowi.

W literaturze błędnie pojawia się data zbudowania tej kaplicy określana na 1790 rok. Z całą pewnością data ta dotyczy kaplicy pod tym samym wezwaniem, dobudowanej do starego kościoła od strony północnej w latach 1746-1758. Wcześniej, w kościele był ołtarz św. Izydora (potwierdza to, wizytacja z 1728 roku), później natomiast dobudowano kaplicę z wejściem ze środka kościoła. Kaplicę tę odnowił i wyposażył ks. Witkowski, zmieniając później jej nazwę na Kaplicę Pana Jezusa.

Kiedy w 1903 r. rozebrano stary kościół i kaplicę, w celu budowy obecnej świątyni, na nowym cmentarzu (obecnie nazywanym starym) powstała kaplica, którą dla pamięci wcześniejszej nazwano Kaplicą św. Izydora. Warto odnotować, że św. Izydor to patron rolników.
W tej kaplicy odprawiane były Msze święte w czasie budowy nowego kościoła, za zgodą Kurii Biskupiej w Tarnowie na wniosek ks. Jana Jarzębińskiego, ówczesnego proboszcza parafii.

Kaplica ta przez lata służyła do przechowywania ciał zmarłych przed pogrzebem. Także tutaj urządzany jest jeden z ołtarzy na uroczystość Bożego Ciała.

W 2009 roku przeprowadzono remont kaplicy i otoczenia, położono kostkę brukową przed kaplicą, wmontowano nowe drzwi wejściowe na cmentarz, utwardzono chodnik przy ogrodzeniu. Prace nieodpłatnie wykonała firma Józefa Stelmacha z Cieniawy.