W roku 2008 wybudowano nowy chór
Wybudowano nowy chór w stylu neobarokowym. Zaprojektował go inż. Zygmunt Lewczuk. Wykonała firma budowlana Pana Stanisława Janusa z Mszalnicy. Wybudowany chór bardzo dobrze wpisał się w całość wnętrza neobarokowego kościoła.
W roku 2010 odnowiono Ołtarz Bożego miłosierdzia
Odnowiono i rozbudowano ołtarz z XVII wieku znajdujący się w lewej nawie kościoła. Zrekonstruowano go jako ołtarz Bożego Miłosierdzia. Dokonała tego firma Pana Jana Kowalczyka i Jana Wańczyka
Przebudowa dotyczyła betonowego stipes – zmieniono na drewniany – retabulum – obecnie przebudowane na trójosiowe – w którym zostały umieszczone 3 obrazy: Miłosiernego P. Jezusa, Św. Faustyny i obraz Błogosławionego Michała Sopocki, antepedium, mensy i odbudowy tabernakulum na pedeli, Nad ołtarzem umieszczono istniejący obraz Matki Bożej Nieustającej Pomocy. Obrazy wymalował Pan Jan Wańczyk. W trakcie konserwacji rzeźb przedstawiających aniołów, odkryto iż pierwotnie postacie te nie posiadały skrzydeł, a domontowane zostały w późniejszym okresie. Po przeanalizowaniu gestów, ułożenia rąk oraz założonych na głowach koron, odkryto, że figury te przedstawiają świętych Królów św. Wacława i św. Kazimierza. Po konserwacji i przywróceniu im wcześniejszej formy postacie świętych królów Wacława i Kazimierza zostały zamontowane nad kolumnami, na drugiej kondygnacji ołtarza.
Do odnowienia i zrobienia ołtarza Bożego Miłosierdzia zmobilizowała nas odprawiana przez parafie od kilkunastu lat co piątek nowenna do Miłosierdzia Bożego, odprawiana tez od kilkunastu lat Wielka Nowenna do Bożego Miłosierdzia od Wielkiego Piątku do Święta Bożego Miłosierdzia oraz niezwykła obietnica Pana Jezusa Miłosiernego związana ze świętem Miłosierdzia Bożego, która mówi że „ kto przystąpi w święto bożego miłosierdzia do spowiedzi i Komunii świętej dostąpi zupełnego odpuszczenia win i kar” czyli takiej łaski jaka otrzymujemy tylko w sakramencie Chrztu Świętego ( Dz. S. 383, nr. 1109 )jest to dar większy od odpustu zupełnego, tym bardziej ze warunki sa bardzo łatwe do wypełnienia. Biorąc pod uwagę naukę Kościoła o odpustach, można wnioskować, ze do spowiedzi można przystąpić kilka dni przed Świętem Miłosierdzia i po nim.(najlepiej w święto)
W naszej parafii odbiera wielka cześć Miłosierdzie Boże według wskazań Św. Faustyny, szczególnie przez co piątkową nowennę o godz. 18.30(16.30). Cieszymy się że w naszej parafii jest piękny potrójny ołtarz miłosierdzia Bożego.
Krótka historia bocznego ołtarza św. Józefa.
Ołtarz boczny św. Józefa z XVII w. obecnie znajdujący się w Nowym Kosciele p.w. św. Ap Filipa i Jakuba został Przeniesiony ze starego koscioła w roku 2010. W starym koscile pełnił funkcje ołtarza głównego. To w tym ołtarzu znajdował się cudowny obraz matki Bożej Mystkowskiej
Obecny kościół w Mystkowie p. w. św. Ap Filipa i Jakuba został wybudowany w latach 1905 – 1910. Po wybudowaniu kościoła w/w ołtarz został przeniesiony ze starego kościoła do prawej nawy nowego Kościoła. Ołtarz ten do roku 1910 przebywał w starym Kościele sw Mikołaja. Był głównym ołtarzem starego kościoła. W tym ołtarzu był umieszczony cudowny obraz pochodzący z XVI wieku Matki Bożej Mystkowskiej czczony w tajemnicy Niepokalanego Poczęcia. Do roku 1910 zwany była ołtarzem Matki Bozej Mystkowskiej.
W roku 1962 zmieniono wystrój ołtarza. Na miejsce obrazu Matki Bożej – umieszczono obraz św. Józefa. Od tamtego czasu nazywamy go ołtarzem św. Józefa.
W roku 2012 postanowiono dokonać konserwacji i wyzłocenia ołtarza Św. Jozefa. Komisja po naradzie postanowiła że nie tylko należy go odnowić ale i przywrócić mu pierwotny wygląd. Na podstawie zgromadzonych starych zdjęć i po zaczerpnięciu informacji najstarszych parafian, zrekonstruowano w przybliżeniu pierwotny wygląd ołtarza. Ołtarz jest wyzłocony i odnowiony. Przywrócono mu pierwotny wygląd. Zachwyca pielgrzymów i turystów.
Jak teraz wygląda ołtarz.
Ołtarz został rozbudowany o dwa boczne wejścia, nad którymi umieszczone są wnęki z rzeźbami św. Bpa Stanisław męczennika i św. Wojciecha. Przez te wejścia można na kolanach obchodzić ołtarz. Nad wejściami są umieszczeni dwaj święci: Św. Roch i sw. Sebastian. W polu środkowym ołtarza znajduje się retabulum z obrazem przedstawiającym św. Józefa z dzieciątkiem. Ramo ozdobione wstęgami usychającego akantu. Obok obrazu są cztery kolumny. Nad kolumnami znajdują się rzeźby aniołów. Druga kondygnacja ołtarza stanowi pole z obrazem św. Stanisława Kostki autorstwa Sotyrysa Pandopulosa. z roku 1962. Obok obrazu znajdują się rzeźby dwóch aniołów. Nad obrazem św. Stanisława w samym szczycie znajduje się rzeźba Boga Ojca z adorującymi aniołami.