Z początkiem powstawania nowych osad wiąże się powstanie parafii, a ta ściśle łączy się z procesem kolonizacji na prawie magdeburskim. Z chwilą zakładania wsi “na surowym korzeniu” lokator wydzielał z ogólnej liczby łanów nowej osady 1 lub 2 łany ziemi na uposażenie przyszłego kościoła parafialnego. Parafia Mystków powstała z fundacji królowej Jadwigi i Władysława Łokietka w latach 1320-1326. Takiż zapis zawiera Kronika Parafialna Liber Memorabilium Parochiae Mystkoviensis, w której na stronie czwartej czyta się:
“założycielką kościoła w Mystkowie mogła być Królowa Jadwiga”
Dalszy zapis ze strony piątej mówi, iż
“Kościół ten Mystkowski nie ma oryginalnego założenia ani innych oryginalnych dokumentów. Nie wiadomo, kiedy zaginęły”.
Ks. Profesor Bolesław Kumor w „Archidiakonacie Sądeckim” potwierdza, że Parafia Mystków powstała z fundacji królowej Jadwigi i Władysława Łokietka, w latach 1320 – 1326. Pierwsza wzmianka jest z roku 1326. W roku 1577, jak podaje kronika, parafia przestała istnieć. W roku 1581 parafia już istnieje. Kronika z roku 1581 wymienia, ze do parafii w Mystkowie należą wioski: Mystków, Wola Mystkowska, Mszalnica, Cieniawa, Królowa Polska, Królowa Ruska. W roku 1728 do parafii w Mystkowie dochodzą wioski: Kunów, Kamionka Kameralna i Podlesie.
Tak więc parafia rozwijała się dosyć szybko. Dla pierwszej połowy XIV w. ludność parafii szacuje się na 390 osób. W 1728r. przystąpiło do komunii wielkanocnej 599 osób, zaś w 1793r. ok. 1200; parafia liczyła 1500 osób. Około 1580 roku uruchomiono szkołę parafialną.
Najstarszą budowlą okołokościelną, istniejącą do dzisiaj, jest kaplica cmentarna p.w. św. Izydora została zbudowana w 1790 roku, z fundacji Karola Brunickiego. Jesienią 2009 roku została odremontowana i odmalowana dzięki panu Stelmachowi z Cieniawy.
W 1813 roku ówczesny proboszcz parafii- Sebastian Skrudziński, przygotował nowy cmentarz (obecnie nosi on miano „starego cmentarza”). Został ogrodzony w 1844 roku przez ks. Jana Augustyniaka. W tym samym roku postawiono również kamienny krzyż cmentarny. Cmentarz został pobłogosławiony w 1845 roku przez księdza Wojciecha Komorka.
Co do zewnętrznego wyglądu kościoła to Rocznik Diecezji Tarnowskiej z r. 1972 na stronie 351 podaje, że
“Dawny kościół parafialny drewniany był pod wezwaniem św. Mikołaja Biskupa oraz św. Filipa i Jakuba Apostołów”
Był on murowany i stał na miejscu błotnistym, chociaż na wzgórzu.
Obecny kościół jest pod wezwaniem św. Filipa i Jakuba; patronem zaś drugorzędnym jest N.M.P. Niepokalanie Poczęta. Kościół zbudowany był w latach 1905-1910 wg projektu Edgara Kovatsa przez ówczesnego proboszcza księdza Jana Jarzębińskiego. Zbudowany jest z kamienia i cegły. Duży wkład w dzieło budowy mieli sami mieszkańcy Mystkowa. Większość materiału potrzebnego do budowy przywozili własnymi wozami zaprzęgniętymi w woły. Pan Antoni Radecki tak wspomina tamten okres:
Mieszkańcy Cieniawy wycinali drzewa i przygotowywali kamienie z pobliskiej Rosochatki, zaś mieszkańcy Mszalnicy- ponieważ mieli najlepsze konie- przygotowany kamień przywozili na plac budowy. Mieszkańcy Królowej Polskiej mieli dostarczyć piasek z rzeki Królówka. Mieli go wypłukać i przewieźć do Mystkowa. W czasie budowy nabożeństwa były odprawiane w kaplicy cmentarnej.
Kościół jest neobarokowy, murowany z cegły i kamienia, kryty blachą. Jednonawowy na planie krzyża, z prezbiterium zamkniętym półkoliście i kaplicą, od frontu wieża. W wieży znajdują się trzy dzwony wykonane w Przemyślu w zakładzie Eugeniusza Felczyńskiego o tonażu 1200 kg, które poświęcił ks. Bp. Ordynariusz dr Jerzy Ablewicz w niedzielę różańcową 6 X 1968 r. Natomiast świątynię konsekrował Arcybiskup Leon Wałęga 13 VI 1924 r. Wnętrze kościoła pokryte jest sklepieniem kolebkowym. Polichromie wnętrza wykonał artysta malarz Zdzisław Pabisiak przy współpracy autorskiej inż. doc. Władysława Grabskiego i prof. Wiktora Zina z Krakowa. Przewodnia myśl tej polichromii to prawda wiary ze Składu Apostolskiego dziewiątego artykułu <<Wierzę w Świętych Obcowanie>>. Kościół Triumfujący, cierpiący i walczący miały być osnową polichromii. Ołtarz główny neogotycki po 1910 roku, wykonany w firmie Ferdynanda Stuflesera w St. Ulrich – Gröden w Tyrolu; w nim obraz M.B. Niepokalanie Poczętej – łaskami słynący, zwany też Matką Bożą Mystkowską, przeniesiony ze starego kościoła. Na zasuwie obraz św. Ap. Filipa i Jakuba. Ze starego kościoła zostały również przeniesione do nowego:
- dawny główny ołtarz z XVIII w. z obrazem św. Józefa namalowanym przez Greka (Sotyrysa Pandopulosa w 1960 r.),
- drugi ołtarz z XVII w. z obrazem Serca Jezusowego (ołtarz został poddany renowacji w 2009 roku dzięki fundacji jednej rodziny z Mszalnicy. Obecnie w centrum ołtarza znajduje się obraz Pana Jezusa Miłosiernego, po bokach wizerunek św. Siostry Faustyny i bł. Ks. Michała Sopoćko. Kaplica, w której znajduje się ołtarz, nosi miano Kaplicy Miłosierdzia Bożego),
- chrzcielnica kamienna z 1617 r.,
- retabulum barokowe XVI w. z dwoma obrazami św. Jana Chrzciciela i św. Jana Apostoła,
- organy z prospektem rokokowym z drugiej połowy XVIII w. (w 2008 r. powiększone i wyremontowane przez firmę Zielińskich ze Szczerzyca),
- rzeźba M.B. z dzieciątkiem w Mandorli w otoczeniu aniołów z popiersiem Boga Ojca z XVII w.,
- misa trybowana z postacią M.B. z dzieciątkiem,
- krucyfiks barokowy z XVII w.
W oknach znajduje się 5 witraży zaprojektowanych przez Stefana Matejko wykonanych w firmie Żeleńskiego w Krakowie przed 1939. Kościół otacza ogrodzenie zaprojektowane również przez prof. Zina.
Wiosną 2008 roku został wybudowany nowy chór projektu architekta mgr inż. Lewczuka. Prace wykonawcze zostały ufundowane i przeprowadzone przez majstra Stanisława Janusa. W latach 2008-2009 w kościele położono nową posadzkę. Prace wykonała firma Edwarda Poręby z Podmystkowa. W 2009 roku zostały zrobione nowe ławki przez firmę Piotra i Benedykta Kiełbasów.
Plebania
Plebania, której budowę rozpoczęto w 1846 r., służyła aż do 2003 roku. Obecnie użytkowana jest nowa plebania, przygotowana wg projektu mgr inż. arch. Tadeusza Koseckiego z Nowego Sącza. Obliczenia konstrukcyjne przygotował mgr inż. konstruktor Jan Marszałek. Budowę prowadziła firma pana Józefa Świguta. Obiekt zajmuje 1000 m2 powierzchni użytkowej. Na ⅓ całości mieści się plebania z mieszkaniami dla księży, natomiast ⅔ zajmuje dom parafialny, w którym znajduje się: sala sportowa, sala katechetyczna i zaplecze sanitarno kuchenne (1 kondygnacja), przedszkole, świetlica, kuchnia i sklepik (2 kondygnacja) oraz kaplica pod wezwaniem św. Faustyny i sypialnie rekolekcyjne. Poświęcenia budynku dokonał ks. bp. Wiktor Skworc dnia 6 maja 2004 r. w dzień parafialnego Odpustu ku czci św. Apostołów Filipa i Jakuba. Budynek wybudowany został z inicjatywy obecnego proboszcza ks. Józefa Głowy.
W roku 2009 zostało założone przedszkole „Faustyna” dla dzieci od 3 – 5 lat działające przy parafii.