Wieś Mystków została założona 9 stycznia 1324 roku za zgodą Króla Władysława Łokietka. Kilkadziesiąt lat później na mapie Ziemi Sądeckiej ma miejsce lokacja kolejnych wiosek Mszalnicy i Cieniawy. W tym samym czasie, gdy po 182 latach rozbicia dzielnicowego Polska na nowo staje się zjednoczonym królestwem, tutaj na wschód od Nowego Sącza tworzy się nowa wspólnota lokalna, której centrum życia staje się pierwszy wzniesiony w tym miejscu drewniany kościół prawdopodobnie pw. Św. Mikołaja. Wspólnota parafialna przetrwa tutaj kolejne 700 lat, pokonując fale historycznych wojen, klęsk żywiołowych, epidemii. Kościół w tym miejscu zawsze był i jest schronieniem dla dusz tęskniących za Panem Bogiem. Najpierw kościół był drewniany, później murowany, aż do wybudowania w 1910 roku nowej, obecnej świątyni pod patronatem Św. Apostołów Filipa i Jakuba. W tym miejscu, przy chrzcielnicy pochodzącej z 1617 roku, ale także i wcześniej pokolenia Mystkowian i Mszalniczan przyjmowało Sakrament chrztu, stając się przez to częścią historii Odkupienia. Do dziś świątynia ta zapełnia się każdej niedzieli, a często także w tygodniu setkami wiernych, którzy w ten sposób budują Królestwo Boże na ziemi. W tej świątyni codziennie rozbrzmiewa ludzka modlitwa dziękczynna i błagalna za światem, za Kościołem Chrystusa, ale także za naszymi rodzinami, za żyjącymi i zmarłymi, i wszystkimi, którzy potrzebują pomocy i wsparcia u Miłosiernego Pana.
Pan Bóg w historii tej parafii na drodze wiary Mystkowian i Mszalniczan stawiał konkretne osoby. Pierwszą z nich jest Maryja, której orędownictwo zostało uwiecznione na łaskami słynącym obrazie Niepokalanego Poczęcia. Naszymi patronami stali się także Św. Mikołaj i Apostołowie Filip i Jakub Młodszy. Naszym wsparciem na drodze do świętości są też zwykli ludzi, którzy przez swoje charyzmaty służyli i służą umacniając wiarę i więzi międzyludzkie. Byli i są to rolnicy, żołnierze, rzemieślnicy, artyści, lekarze, śpiewacy, muzycy, ale także kapłani.
Dzisiaj szczególnie dziękujemy za dar posługi duszpasterskiej Księdza Józefa Głowy, który przez 24 lata pełnił tu posługę proboszcza parafii. Pamiętajmy w modlitwie o Nim i o wszystkich, którzy w minionych stuleciach budowali duchowo i materialnie nasz kościół, wspólnotę i o tych, którym zawdzięczamy dar wiary.